塩基配列からアミノ酸配列への変換
結果の見方と目安
| 項目 | 意味 | 目安 |
|---|---|---|
| フレーム | 翻訳に使った読み枠です。+1、+2、+3は入力配列、逆相補1、逆相補2、逆相補3は逆相補鎖を翻訳します。 | CDS配列なら通常は+1です。向きや読み枠が不明な配列では全6フレームを確認します。 |
| 翻訳範囲 | そのフレームで実際に翻訳した塩基位置です。逆相補の場合は、逆相補鎖上での位置を示します。 | CDS全体を翻訳したい場合は、範囲が目的配列全体に近いか確認します。 |
| AA長 | 終止記号を除いたアミノ酸数です。Xは1残基として数えます。 | 予想タンパク質長と一致するか確認します。 |
| 終止数 | 翻訳結果に含まれる終止コドンの数です。終止コドンは*で表示します。 | CDSの途中に*が出る場合は、読み枠違い、イントロン混入、配列エラー、偽遺伝子化などを疑います。 |
| X数 | 曖昧塩基を含み、アミノ酸を一意に決められなかったコドン数です。 | Xが多い場合は、Nなどの曖昧塩基を確認してください。 |
| 余り塩基 | 3塩基単位で翻訳できず、末端に残った塩基数です。 | CDS配列では通常0です。1または2なら、配列の始点または終点がずれている可能性があります。 |
| 遺伝暗号 | コドンをアミノ酸へ変換する対応表です。 | 核遺伝子では標準遺伝暗号を使います。ミトコンドリア配列や細菌配列では、対象に合う表を選んでください。 |