PCR primer Tm calculator

計算モデル
TmはSantaLuciaのDNA nearest-neighborパラメータで計算しています。塩補正はエントロピー項に 0.368 × nearest-neighbor数 × ln(有効一価カチオンM) を加える方式です。Mgは dNTP総濃度を差し引いた自由Mgを一価カチオン相当に換算しています。
このCGIは完全一致のDNAプライマーと完全相補鎖の二状態近似を扱います。ミスマッチ、修飾塩基、LNA、プローブ、DMSO、ベタイン、鋳型側二次構造、厳密なヘアピン熱力学は対象外です。自己相補とペア相補の表示はスクリーニング用の簡易指標です。